日本在1998年依据UPOV (植物 新品种保护国际联盟）1991年公约，将1947年旧种苗法(法律第115号)全面修改，如扩大品种保护范围至从属品种、增加保护年限、增列研究免责等，以符合国际情势。该法于1998年五月二十九日公布(法律第83号)，同年 12月24日开始实施，即为日本现行之种苗法。
然而近年来日本育种者权利的侵害事例层出不穷。例如经《种苗法》登记的草莓、四季豆等品种，被非法引种到中国，其后该产品再回销到日本。针对这些漏洞，日本分别在2003年及2005年对1998年种苗法进行二次修法，以期能弥补种苗法保护不足之处。
第一次修法在2003 年6 月18 日（法律第90 号）公布，2004 年4 月开始实施，主要内容为：
（1）扩大品种保护范围至收获物：由于之前种苗法仅限于种苗的利用(生产、销售、进出口等) ，针对流到海外的日本品种，其收获物又出口到日本销售的现象，品种权人无法向其要求合理赔偿而使其权利受损。为此，新《种苗法》第五十六条，就将保护的对象扩大到收获物(包括生产、销售、进出口等)，使品种权的保护更完善。品种权人可以向农水省所属的独立行政法人——种苗管理中心及其在各地的分支机构提出申请，运用DNA 等技术鉴定疑似侵权的收获物。
（2）提高法人的处罚金额：近年来，企业法人大规模侵权事件不断增加，为使罚款具有充分的威慑力，新《种苗法》把对企业法人的处罚金额上限提高到1 亿日元。根据第六十条规定，对于违反第五十六条规定行为的法定代表人或其代理人、使用人及其它从业人员，除对违法人员进行处罚之外，对法人可处以1 亿日元以下的罚款。另外，对于其它违法行为，修正案均提高了罚款金额。
（3）《关税定率法》的修订：为了配合《种苗法》的修正，2004 年3 月28 日《关税定率法》修正案成立，4 月1 日起实施。主要内容是规定可以禁止侵害品种权产品的进口。根据该法，未经许可私自将日本国内登记品种拿到海外种植，再将收获物出口到日本时，海关将有权禁止进口。为了快速准确地判断进口品种是否为登记品种，DNA 快速分析技术平台将是首要关键，日本目前已经可以运用DNA 技术对品种进行鉴定识别，但是对加工程度较高的果酱等产品，准确的鉴定技术仍待建立。
而在2005年第二次修法的主要内容为：
（1）扩大品种保护范围至加工物： 2003年修正之种苗法虽已扩张至收获物的利用(生产、销售、进出口等)，但对于加工物却没有纳入保护，因此对于未经授权使用种植品种权人的植物品种，其加工物再进口至日本的这个问题将无法解决。因而修订扩大品种保护范围至加工物，具体的配套措施及实施时间仍待公布。
（2）延长育种者权利保护期限：1998年种苗法已修改符合UPOV1991年公约所制订的最低保护期限，对于果树等木本及多年生藤本植物的权利保护期限是25年，其它植物则是20年。但此次修法将木本及多年生藤本植物的权利保护期限延长至30年，其它植物则延长至25年，提供较高程度的权利保护。本修正适用于2005年6月17日之后所申请的植物品种。
此外值得一提的是，日本1998年种苗法对于品种权侵权仍保留刑事处罚。根据第五十六条规定，对侵害第二条第4 项关于“育种者权利”或“专属利用权”的行为，可处以3 年以下徒刑或300 万日元以下的罚款。来源：植物種苗電子報 2005 日本种苗法两年内小修两次 植物種苗電子報 (0011) 第三版。  |
