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日本由于四面环海，对于来自外国病害虫侵入的严重威胁有较好的自然保护。日本自1867年开始与外国交往贸易以来，开启从国外引入新品类作物大门，伴随着这些作物，诸多种类的病害虫亦随着入侵，导致国内农业生产严重损失，于是在1914年制定「输出入植物管制法」（Export-Import Plant Control Law），开始执行植物检疫制度。
日本植物检疫制度系逐渐强化和扩充的。目前是依据1950年制定的「植物防疫法」（Plant Protection Law）来执行植物检疫服务项目，包括：输入检疫避免海外疫病害虫侵入；输出检疫以符合诸外国的检疫要求；防止和控制重要的疫病害虫在国境内散布蔓延；紧急灭除海外侵入的病害虫，并由农林水产省大臣指定对种苗进行国内检疫业务等。
植物检疫业务的实施机关是农林水产省植物防疫所，这个组织包括：横滨、名古屋、神户、门司和那霸五个地区中心，以及位处于进入日本的各主要海港和机场的十四个支所和七十五个分支单位，每个单位都配置有植物防疫官。
日本输入检疫制度的基本原则是基于：输入禁止、进入港口指定、输入检查和针对不符合条件之进口植物采取消毒或废弃处理。依日本植物防疫法第六条规定：输入植物（非供栽植用植物且无罹染寄生检疫有害动植物之顾虑，并经部令明定公告者除外）及其包装容器如无检附输出国政府签发之检疫证明并将检疫结果确切证明无罹染寄生有害动植物并记载于检疫证明书者，不得输入，但下举植物及其包装容器不在此限：(一)由无设置植物检疫机关之国家输入之植物经严密之输入检疫者不在此限。(二)由部令明定公告之国家地区输入之植物及其包装容器，其检疫证明书及其需加注证明之检疫要求事项，由输出国政府相关机关直接经电传网络并依本法第二条第五项由电子计算器书类传送者。部令明定公告之地区输入之植物，其依相关规定，并经部令公告必须在输出国实施栽培地检疫之植物，除依前项规定办理外，另并须检附输出国政府相关机关签发之检疫证明书并证明经栽培地检疫无寄生或附着有害动植物者。但书（上项第一号即无设置检疫机构之国家除外）。植物及相关条文所举之禁止输入品目，除以包邮件输入外，其余必须经由部令指定之港口、机场输入。禁止输入品目，除得以小型包装物及小包邮件输入外，其余邮件不得输入。受领禁止输入品并非小型包装物及小包邮件者，受领人必须即刻不能延误送交植物防疫所。
1.下列品目禁止输入日本：
(1)植物疫病虫害；
(2)土壤和附有土壤的植物；
(3)农林水产省特别指定的植物和植物产品；
(4)包装材料和/或包含上述品目的包装容器。
农林水产省指定的植物和植物产品是超过15种害虫和病菌的寄主植物，病害虫包括地中海果实蝇，苹果蠹蛾，马铃薯癌肿病和烟草露菌病，这些疫病害虫在日本未曾出现过，而是从国外运送进入，或由其它地区侵入。这些疫病害虫是检疫的重点，因为如果它们渗透侵入日本国境，将会对日本农业产业造成严重损害。
尽管有这些禁止限制，但若上述品项是为科学研究，则可在农林水产省特别许可条件下输入。当疫病虫害在一个国家已被灭绝后，禁止的限制可经由法律程序予以撤销。为了达成某些国家想出口特定禁止品目到日本之目的，日本提出一套申请方法，经由两国政府同意，让那些完全清洁，没有病害虫的植物能在特别检疫条件下，依个别品目基础，解除输入禁止限制。
日本对水果的解禁要求是：
(1)指定产地，有专门的有害生物防治措施；
(2)出口国进行除害处理和检疫；
(3)日本派检疫官员前往出口国确认除害处理过程，费用由出口国承担；
(4)限定包装和运输方法；
(5)有防止病虫害再感染的措施；
(6)其它有关要求。此外，所有经过-17.8℃或以下低温冷冻处理的水果均可进口。
2.指定进入港口
除邮寄外，所有植物和植物产品进入日本，应该仅能由农林水省指定的港口和机场输入，由其它口岸输入是不合法且被禁止的。
3.输入检查品项
所有植物和植物产品如：种子、种苗、观赏植物、球根、切花、水果、蔬菜、榖类、豆类、饲料原料、香辛料、药草和木材等，皆属输入检查项目。下列品项由于有疫病害虫的风险不大，不须植物检疫：
(1)制材、防腐木材、木工品、竹工品和家俱等加工品；
(2)藤和软木；
(3)未曾使用过包装任何植物或植物产品的纤维制品和粗纤维（包括原棉），例如：麻袋、棉花、棉布、丝瓜产品、纸张、细绳和粗绳；
(4)加工茶叶、干燥蛇麻草花和干竹子；
(5)酦酵处理过的香草豆；
(6)亚硫酸、酒精、醋、糖和盐等浸泡过之植物；
(7)杏、无花果、柿子、奇异果、李子、梨子、枣子、菠萝、香蕉、木瓜、葡萄、芒果、桃子和龙眼等干果产品；
(8)粒状的椰子内果皮；
(9)供作零售用之密封于容器内的干燥香辛料。
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