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育种者培育出新品种后，如需保护自己的合法权益，应当向国家林业局或农业部提出品种权申请。只有在国家林业局或农业部批准授予品种权后，育种者的合法权益才可以得到国家的保护。育种者对自己培育的新品种的权益，如未向国家提出申请，则意谓着自动放弃自己的权益；对于未提出申请的品种权益，或提出申请而未获批准的品种权益，国家不予保护。对于需保护的植物新品种，只有国家才可以认定，省级及省级以下政府无权认定。中国育种者可以依照规定的程序直接向国家林业局提出申请，也可以通过代理机构提出申请。中国育种者获取品种权后，可以利用其独占权自己繁殖或出售其品种的繁殖材料，也可以向其他组织和个人发放许可证，换取特许权费。一般量大面广的植物品种，育种者往往不直接控制品种的繁殖，而是采用与经销商或其他中介组织合作的方式，按繁殖材料的单位价格收取一定比例的特许权费。对于价值较高的品种，育种者可能会控制品种的繁殖或销售，并直接从繁殖材料的销售中得到回报。育种者在自己的合法权益受到侵害时可以请求县级以上人民政府林业主管部门进行处理，也可以直接向人民法院提起诉讼。
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