一、优质稻新品种选育及无公害生产关键技术研究
　　研究选育可供出口和替代进口的一级优质抗病虫害水稻新品种（含南方稻区早中晚稻及北方粳稻）；通过开展综合技术的组装配套与研究，为无公害出口稻米生产提供技术支撑。无公害稻米生产全程监控技术生产稻米达到绿色食品AA级标准。

二、优质小麦新品种选育及高效栽培关键技术研究
　　1、优质强筋面包小麦新品种选育及高效栽培技术研究
　　研究选育适合北部冬麦区和黄淮冬麦区的强筋面包小麦新品种及配套高产高效栽培技术。
　　2、优质弱筋弱筋饼干糕点小麦新品种选育及高效栽培技术研究
　　研究选育适合长江中下游地区的弱筋饼干小麦新品种及配套高产高效栽培技术。
三、优质玉米新品种关键技术研究
　　1、高油玉米新品种选育及加工技术研究
　　研究培育高油玉米新品种、配套高产高效栽培及加工关键技术。
　　2、优质蛋白玉米新品种选育及加工技术研究
　　研究培育优质蛋白玉米新品种、配套高产高效栽培及加工关键技术。
　　3、青贮玉米新品种选育及加工技术研究
　　研究培育青贮玉米新品种、配套高产高效栽培及加工关键技术。
四、东北高油大豆新品种选育与高产高效关键技术研究
　　1、东北高油大豆新品种选育与产业化关键技术研究
　　培育适于东北不同地区种植的高油大豆新品种，研究适于不同地区、与高油品种配套的栽培技术；对已有的栽培技术进行优化，实现良种良法的配套，确保高油大豆产量的提高。
　　2、高油大豆的种、管、收、选机械化关键技术研究
　　研制大豆专用收获机及低割装置，主要对低割装置、脱粒及分离部件进行系统地研究；对引进大豆精选分级设备的国产化研究，研究设备的喂入、分选、分级系统。
五、优质高产棉花新品种选育
　　1、优质、高产、广适杂交棉新品种（组合）选育
　　2、抗病虫棉新品种（组合）选育 
六、油料作物新品种选育
　　1、油菜新品种选育
　　选育“双低”优质油菜新品种（组合）。
　　2、花生新品种选育
　　选育出口型优质花生新品种；选育油用型优质花生新品种；选育超高产花生新品种。
七、糖料作物新品种选育
　　1、优质抗逆甘蔗新品种选育
　　2、优质高产甜菜新品种选育 
　　 选育耐丛根病甜菜新品种；选育高生产力单粒型甜菜新品种。

八、优质水果选育及高产高效管理技术研究 
　　 1、长江流域优质柑橘新品种选育及高效管理关键技术研究
　　选育早熟和晚熟甜橙和宽皮橘品种；选育高产优质早熟脐橙新品种；选育无籽夏橙和冰糖橙新品种。研究优质丰产无公害节本栽培技术。
　　2、苹果新品种选育及高效管理关键技术研究
　　选育早、中、晚熟及加工专用苹果新品种（系）；研究无公害优质果品生产关键技术。
九、优质牧草紫花苜蓿新品种及配套优质高产栽培技术研究
　　研究筛选东北地区抗寒品种、黄土高原地区水土保持型品种、黄淮海地区高产高效型品种、长江中下游区耐热型紫花苜蓿新品种及配套栽培技术。 
十、牧区人工草地建植与管理技术
　　研究多年生牧草混播技术；粮草混播及草田轮作技术；优质高产一年生牧草及饲料作物栽培管理技术；人工割草地持续利用及牧草加工技术；人工草地集约化划区轮牧放牧利用技术；家畜舍饲、半舍饲饲草料搭配技术。
十一、旱作节水农业新型机械与新型材料研制
　　1、节水农业机械研制与开发
　　研制行走式节水灌溉关键技术与机具；研制系列化坐水播种施水开沟器；研制垄作坐水种苗根区灌溉一体化机；研制农用车苗根区灌溉机；研制悬挂式苗根区灌溉机；研制垄作免耕播种机。
　　2、旱作节水化学制品的研究与开发
　　研究长效保水剂及多功能种衣剂；研究全降解生物地膜。
十二、优质创汇植物新品种选育研究
　　1、优质茶叶新品种及加工关键技术研究
　　研究优质、专用茶树新品种及种苗产业化关键技术；研究高效、无公害茶园管理关键技术；茶叶加工新技术与新产品研究；
　　2、蚕桑优特新品种选育与集约化生产关键技术
　　选育优特蚕、桑新品种；研究集约化蚕桑生产关键技术
　　3、麻类新品种选育及高效生产、加工技术研究
　　选育亚麻、苎麻高产、优质、多抗专用新品种；研究麻类收获机械及加工技术。 
十三、出口对虾、贝类关键技术研究
　　1、出口对虾优良品种选育 
　　 2、对虾健康养殖关健技术研究 
　　 3、贝类健康养殖技术研究
十四、能源作物新品种选育与高效种植技术研究
　　1．甜高粱优良杂交品种的培育与高效种植技术 
　　 选育适于我国黄河以北地区种植的高能甜高粱杂交新品种。
　　2、木薯优良品种选育与高效栽培技术
　　选育品质稳定、产量和含糖量高的木薯新品种。 
十五、热带水果无公害生产关键技术研究
　　研究椰子、荔枝等热带水果的无公害综合关键技术。