1. P中毒
P中毒可能是影响山龙眼科植株最普遍的营养失衡之一。常导致嫩枝死亡、叶落、叶色变褐最终使植株死亡。无法治疗，只能防止。方法是不施含P的化肥、禽粪和动物的新鲜粪肥，不在曾重施过肥料的土地上种植山龙眼。
2. 微量元素缺乏
缺铁也很普遍，常引起叶片显著裉色或黄叶。正常叶色应是新鲜明亮的绿色。治疗方法是叶面喷施螯合铁或硫酸铁。
缺其它微量元素，如K、Mg或Zn，同样也会造成黄叶或生长迟缓，叶面喷施或浇混合的可溶性微肥便可解决这些问题。
3.1.2茎干病害
1. 根颈腐烂
根颈腐烂是一种常见的但较易防止的茎干病害。覆盖物或新土堆围了主茎，使真菌能侵袭茎干的外层时经常发生。常导致植株特别是幼株的死亡，至少会阻滞生长或引起叶片死亡。
为了防止根颈腐烂的发生，应保证植株的种植深度不高于在容器中的土壤高度，覆盖物离茎至少5-10cm，排水性较好的土壤上也能防止根颈腐烂的发生。对受感染的大树，应除去受染部位并涂上普通的灭菌剂或波尔多液。
2.烟霉病
烟霉病常发生在种植较密的植株上，这是在刺吸式昆虫如蚧壳虫的糖性分泌物上生长的真菌所引起。这种病较易分辨，因枝干上有一层较厚的烟霉粉末。防治方法是喷杀虫剂如Maldison或白油除去蚧壳虫，几周后真菌便会消失。
3.茎癌肿病/茎腐病
茎癌肿病/茎腐病染病区的树皮死亡或腐烂，常呈霉灰色、凹陷或褐色。常由动物、机械或断梢等产生的茎干损伤引起。严重的茎癌肿病/茎腐病可使病枝在风中折断。
防治茎癌肿病/茎腐病很困难，可能的话应去掉染病枝，否则应喷扑海因（Rovral）或苯菌灵（苯莱特Benlate）可能能解决问题。
4. 疤痂病
疤痂病（Elsinoe disease, corky bark disease）导致风轮花和银叶树的茎上出现发酵的软木损伤。它常影响当季的生长并使枝条产生畸形和弯曲。应清除感染区，染病植株及附近的植株应用灭菌剂处理。咪鲜胺（丙氯膦Octave）能有效防止新的感染。
5.黄萎病
由土生真菌轮枝菌（Verticillium dahliae）侵害植株的维管系统引起，使植株发生萎蔫和枝叶枯萎。防治的方法是及时移走受害的植株。
3.1.2真菌性叶病
1.灰霉病
主要由Botrytis引起，发生在种植太密或有遮荫及潮湿的环境下，主要引起大量叶片尤其是新生叶片的死亡，肉眼可见灰霉。防治方法是除了增加植株间的通透性，有规律地喷乙烯菌核利（农利灵vinclozolin ）、Rovral(扑海因)或Captan(克菌丹)。
2.叶枯病
主要由刺盘孢（Colletotrichum，番茄等蔬菜炭疽病原菌）引起的叶变黑或枝枯，是山龙眼的一种严重病害。新梢从尖端枯死，使枝条变黑和卷曲。防治很困难，但可用Octave（咪鲜胺）来预防，使用清桔的修剪工具可防止该病的传播。
3.Dretchslera blight(枯萎病)
是导致风轮花大量死亡的主要病害，在叶片上形成褐色的损伤，或使嫩枝或花迅枯萎。现有的大多数品种均是从抗病品种选育而来。可每2-3周喷一次扑海因或任何一种咪唑嗪（benzimidazole）类杀菌剂均可防治。
4.银叶病（silverleaf）
由Chondrostereum purpureum侵染茎干所引起，受染枝上的叶色成银白色，严重时发黄，最终感染全株。病菌从修剪口或伤口处进入枝干，为防止该病，修剪应在干燥的天气下进行，并在伤口处喷敌菌丹。采花的剪口没有危险。
5.细菌性叶斑病
由Pseudomonas syringae引起，在叶面上产生5mm大小的凹陷的深褐色或黑色斑点。可以喷洒能控制这种细菌的灭细菌剂来防治。
3.1.4 根腐病
1. Phytophthora 引起的根腐病
是所有山龙眼科植物最严重也是花费最昂贵的病，主要是由Phytophtora cinnamoni(Cinnamon fungus)引起，这是一种自然界普遍存在的也危害其它植物的真菌，在温暖潮湿的环境下迅速繁殖，在干旱的季节里则处于休眠状态。症状主要表现在叶子死亡或枝梢枯萎，植株也可能变得发育迟缓或叶色不正常，有时使一株看起来非常健康的植株突然死亡，特别是一段时间的干旱后。这些现象的主要原因是根系受损或不健康，拔出植株可见其发育迟缓且扭曲的根系。
改良土壤的排水性是防止这种病发生的最好办法，除了选择抗病品种外，对土壤及所用的有机物质进行消毒灭菌也很重要。这种病一旦发生，防治很困难，最好是预防，因为很多来菌剂如呋霜灵（Fongarid）、甲霜灵(Ridomil)等在实验室对Cinnamon菌很有效，但实用效果却不好。一旦发生，应及时拔出并消毁感染植株，对附近的植株的根区浇灌甲霜灵、土菌灵（Terrazole）、三乙膦酸铝（疫霉灵）；也可用叶面喷施亚磷酸钾为基础的化合物，同时，由于病菌会产生抗性，应常改变施用的化合物。
2.由 Cylindrocladium 和Fusarium引起的根腐病
常在土壤排水不好时发生。
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